El equipo finalizó en la 9.ª posición de la Liga, tras haber realizado una notable primera vuelta, y en la Copa del Generalísimo de esa misma temporada, se mostró como un bloque sólido y fue la revelación del torneo, plantándose en la final tras eliminar a la Real Sociedad, equipacion atletico de madrid 2023 al Sevilla F. C. y al Real Madrid. La primera década del siglo XXI comenzó con Peñarol ubicándose subcampeón del Campeonato Uruguayo, tras perder en la final del torneo frente a Nacional, mientras jugadores de ambas instituciones permanecían en prisión luego de una pelea en el clásico del Clausura.